Samus erhielt den Befehl, die schlummernde Gefahr im Weltraum für die Förderation zu bannen, in dem sie alle noch lebenden Metroids auf ihrem Heimatplaneten SR388 aus zu löschen.

Samus bereiste also SR388, ein Planet der mit seinen häufig vorkommenden Erdbeben und riesigen Lava-Becken nicht ungefährlicher als Zebes war. Dort fand sie heraus, dass die Metroids, die sie auf Zebes bekämpft hatte, nur eine Rasse von vielen waren, nämlich die Metroid Larven, und dass es so viele Varianten gab wie Sterne in der Galaxie, so gab es neben den bekannten Metroid Larven noch alpha, gamma, zeta und omega Metroids, die je nach Entwicklungsstufe immer stärker wurden sowie, eine Metroid Queen. Während Samus sich tiefer und tiefer in das Planeten Innere kämpfte, stieß sie endlich auf die Metroid Queen... und sie kämpfte nicht nur für ihr Leben, sondern für das Leben aller Menschen. Nach diesem heftigen Kampf tauchte Samus wieder auf.

Auf ihrem Weg nach draußen fand sie ein einzelnes Ei auf dem Boden liegend. Als sie sich ihm näherte, zersprang die Schale des Eies und eine kleine Metroid Larve schlüpfte. Die Kreatur bemerkte Samus' Nähe und schwebte zu ihr, aber nicht wie die anderen es taten, um mit ihren Tentakeln bei ihr Energie abzusaugen, sondern es sah Samus als seine Mutter an und suchte Schutz bei ihr, das Warnsignal, das Pipsen ihres Kampfanzugs prägte sich dabei bei dem Metroid ein. Als Samus das verstanden hatte, wusste sie, dass das Metroid harmlos gegenüber Menschen ist und nahm ihr neues Haustier mit.

Als nächstes flog Samus mit ihrem Rauschiff nach Ceres, der führenden von Menschen geleiteten wissenschaftlichen Nachforschungskolonie in der Galaxie.