Metroid Zero Mission ist das, was der Name verrät: nämlich ein Remake. In Metroid Zero Mission erzählt Samus Aran noch einmal komplett die Geschichte ihrer ersten Zebes Mission, die zur Ausrottung der Metroids führen sollte sowie das Vernichten der Space Pirates Armee.

Anders als in Metroid 1 für das NES geht dieses Metroid jedoch weiter. Samus landet diesmal mit ihrem Raumschiff, das Spiel beginnt aber wie gehabt in Brinstar auf dem mittlerweile bekanntem Platou. In diesem Spiel erfährt man viel über Samus' Kindheit. Sie wurde ja, wie bekannt, nach dem Überfall der Space Pirates und deren Kommandanten Ridley in ihrer Kolonie K-2L von den Chozo aufgezogen. Diese lernten ihr, dem Umgang mit Waffen und gaben ihr die Power Suit, ihre erste (siehe Bild). Diese unterscheidet sich jedoch mit der Power Suit aus z.B. Super Metroid. Dies liegt daran, dass Samus eine heilige, von den Chozo für die Auserwählte Power Suit in den Chozo Ruinen auf Zebes erhält. Diese Suit hat die extra Panzerung an Schultern und ermöglicht auch die aktivierung der vorher unbrauchbaren Waffen bzw. Ausrüstung wie z.B. Screw Attack und Varia Suit.

Außerdem erzählt das Spiel die weitere Story des Spielverlaufs nachdem Mother Brain besiegt wurde (bis zu diesem Zeitpunkt ist es praktisch ein Remake mit vielen Änderungen). So begibt sich Samus zum Space Pirates Mutterschiff, welches an den Chozo Ruinen angedockt hat. Die Space Pirates klauen die besonderen Schätze, wie die Power Bomb.

Endgegner ist diesmal Mecha-Ridley – auch Robo-Ridley genannt – eine Kopie des Kommandanten Ridley, die technisch verbessert wurde. Dieser stellt euch im Kontrollraum der Space Piraten in deren Schiff.

Als Highlite dieses Spiels gillt die originelle Umgestalltung des Just in Baileys Cheats aus Metroid 1, welcher Samus damals in einem Badeanzug kämpfen lies. Dieser Cheat ist hier zwar nicht möglich, jedoch sieht man Samus auch in ihrer Unterbekleidung, denn als Samus nach der Vernichtung von Mother Brain Zebes verlassen wollte, wurde ihr Schiff abgeschossen als sie ihre Suit deaktiviert hatte, sie konnte sie also nicht mehr aktivieren, bis sie die neue Suit erhielt.