Ein Schiff der Galaktischen Förderation wird vermisst. Samus erhält den Auftrag nachzuschauen, was passiert ist und bekommt die Koordinaten. Sie landeten auf dem Planeten Aether, als der Kontakt zur Förderation abbrach. Beim Eintritt in die Atmosphäre trifft ein Blitz Samus' Raumgleiter und es stürzt ab. Das Schiff repariert sich langsam aber stetig von selbst, während Samus nachschaut, was mit dem Gleiter der Föderation und der Besatzung passiert ist.

Als sie an den Ort der Schlachten anlangt, sind alle schon tot. In den Berichten steht etwas von Parasiten, die sie angriffen. Anscheinend landeten die Truppen der Föderation direkt in der Mitte des Nestes. Sie wehrten sich lange, aber allmählich ließen sie nach. Als Samus nach dem Schiff schauen will, wird sie plötzlich von den Leichen ihrer ehemaligen Mitstreiter angegriffen! Der Scan zeigt an, dass sie von einem parasitären Organismus übernommen wurden.

Als sie der Sache auf den Grund geht, stößt sie auf ein Portal, das sie nach Betreten in eine andere Welt, eine Parallelwelt zum Planeten Aether bringt. Es stellt sich heraus, dass Dark Samus, ein Ebenbild der tapferen Kopfgeldjägerin, ebenfalls ihr Unwesen auf Aether treibt. Als Samus auf Tallon IV Metroid Prime besiegt hatte, entzog es Samus’ Phazon Suit das Phazon. So entstand diese Ausgeburt des Bösen erst, doch ahnte Samus davon bislang nichts.

Samus weiß, dass sie ihr Ebenbild vernichten muss. Doch noch eine weitere Aufgabe wartet auf sie: Sie trifft auf die Luminoth, Bewohner des Planeten Aether, die seit dem Aufschlag eines Meteoriten ums nackte Überleben gegen die Ing, Wesen aus der Schattenwelt, die man durch die Portale erreicht, kämpfen. Samus beschließt, den Luminoth in ihrer Not zu helfen, da sie selbst schon von den Ing angegriffen wurde, als sie von deren Schicksal erfährt. So beginnt ein Kampf zwischen zwei Welten, von denen nur eine überleben kann: Schatten oder Licht.