Wie einst die Chozo, gab es ein weiteres mächtiges Volk in der Galaxy. Bis eines Tages dieses Volk ausstarb. Jenes Volk wurde Alimbic genannt. Technologisch war es sehr weit fortgeschritten. Sie erfanden - auf dem Höhepunkt ihrer Kultur - viele Waffen und Zubehör. Als dies bekannt wurde, machten sich einige der Besten auf den Weg zum Alimbic Cluster, um diese Technologie ansich zu nehmen, auch Samus Aran. Denn die Förderation erhielt eine Nachricht, die besagt, dass dieses Volk eine "ultimative Macht" erfunden hat und diese unbedingt vor Fremden sichergestellt werden muss.

Doch auch die Alimbic waren schlau genug, ihre Heiligtümer gut vor Fremden zu verstecken und zu schützen. Diese Macht heißt es nun zu finden. Leider stehen Samus Aran auf der Suche sechs andere Kopfgeldjäger im weg.