Die Spielgeschichte von Super Metroid (SNES - 1994)

In langwierigen Untersuchungen an dem Baby-Metroid stellten die Wissenschaftler auf Ceres fest, dass die organische Struktur des Metroids Stoffe enthielt, die für die Lebewesen der Galaxie zukünftig von großer Wichtigkeit sein könnten. So fand man beispielsweise Körperseren, mit deren künstlicher Erzeugung man schon seit Jahrzehnten beschäftigt war. Seren, die die von den atmosphärischen Veränderungen auf der Erde verursachten Krankheiten zu heilen vermochten. Außerdem erzeugte der Metroid wertvolle Energie. So hatte sich die Bedrohung durch die Metroids in eine Nutzen bringende Koexistenz gewandelt. In einem geheimen Laboratorium auf Ceres wurden die ersten Versuche einer kontrollierten Vermehrung der Metroids gestartet. Samus Aran beschloss beruhigt, zu ihrem Heimatplaneten zurückzukehren...

Gerade als Samus den Orbit der Station verlassen will, erreicht sie ein Hilferuf der Station. Ein automatisches Warnsystem hat ihn ausgelöst. Umgehend nimmt Samus mit ihrem Cyber Rider Kurs auf die Versuchsstation. Dort angekommen, findet sie die gesamte Anlage in Trümmern vor. Die Wächter und das Wissenschaftlerteam waren eliminiert worden und das Metroid-Exemplar entführt... Eine automatische Bild- und Datenaufzeichnung gibt Samus Aufschluss über die Ursache der Verwüstung. Erneut waren es Weltraumpiraten, die in die Forschungsstation eingedrungen waren und das Baby-Metroid in ihre Gewalt gebracht hatten. Samus erfährt, dass sich die Gesetzlosen abermals auf dem Planeten Zebes verschanzt haben und dass ihr Anführer einer der Gefolgsleute von Mother Brain ist - Ridley, der sich noch immer in der Forschungsstation befandt. Doch Ridley wurde doch mehrmals besiegt... Die dritte Schlacht um den Frieden der Galaxie musste beginnen. Alles hing von Samus Aran ab.

Samus folgte den Piraten nach Zebes, um die Bedrohung durch die Weltraumpiraten endgültig zu beenden und den letzten Metroid vor dem Untergang zu bewahren.

In der finalen Schlacht gegen Mother Brain rettete die inzwischen riesige Metroid-Larve das Leben von Samus, jedoch musste es sein eigenes dafür opfern. Endlich gelang es Samus, Mother Brain zu vernichten - doch die Chance, Metroids in den Dienst der guten Sache zu stellen, war für immer verloren... dachte man zumindest.